一、有限责任公司股东可以约定不按实际出资比例持有股权

最高人民法院民事判决书（2011）民提字第6号判决认为：股东认缴的注册资本是构成公司资本的基础，但公司的有效经营有时还需要其他条件或资源，因此，在注册资本符合法定要求的情况下，我国法律并未禁止股东内部对各自的实际出资数额和占有股权比例做出约定，这样的约定并不影响公司资本对公司债权担保等对外基本功能实现，并非规避法律的行为，应属于公司股东意思自治的范畴。

该判决认为：《10．26协议》约定科美投资公司1000万元的注册资本全部由国华公司负责投入，而该协议和科美投资公司的章程均约定股权按照启迪公司55％、国华公司35％、豫信公司15％的比例持有。《10．26协议》第十四条约定，国华公司7000万元资金收回完毕之前，公司利润按照启迪公司16％，国华公司80％，豫信公司4％分配，国华公司7000万元资金收回完毕之后，公司利润按照启迪公司55％，国华公司30％，豫信公司15％分配。根据上述内容，启迪公司、国华公司、豫信公司约定对科美投资公司的全部注册资本由国华公司投入，而各股东分别占有科美投资公司的约定份额的股权，对公司盈利分配也做出特别约定。这是各方对各自掌握的经营资源、投入成本及预期收入进行综合判断的结果，是各方当事人的真实意思表示，并未损害他人的利益，不违反法律和行政法规的规定，属有效约定，当事人应按照约定履行。

二、公司章程有权规定股东不按照按照出资比例行使表决权

《公司法》第四十二条股东会会议由股东按照出资比例行使表决权；但是，公司章程另有规定的除外。

三、股东的出资比例和持股比例不一致的约定，需经有限责任公司全体股东一致同意方可生效

最高人民法院民事判决书（2011）民提字第6号判决认为：尽管有限责任公司股东出资比例和持股比例是否一致属于股东意思自治的范畴，但是，为了防止出现大股东或者多数股东欺压小股东或者少数股东的情况，应严格限制该约定的生效条件为全体股东一致同意。