电子商务的兴起，对中国来说是挑战大于机遇。中国在电子商务发展过程中碰到的问题，远比一般发达国家多得多，不仅需要解决EDI商务由封闭到开放的转变问题、因特网商务中大宗交易的保密和安全问题，以及电子纳税及其治理问题等等，而且还亟待解决一系列特有的主要问题：

企业治理水平落后、经营方式陈旧。中国的企业正在改制中，现代企业制度尚未普遍建立，企业信息化起步不久，还没有全面推开。相当多数企业尚未熟悉到，电子商务能给他们带来比大企业更为有利的机遇，而认为电子商务距离他们比较遥远。所以，培育和开发企业需求，成了在中国发展电子商务的基本功，而发展电子商务正是企业走向成功之路

金融服务质量问题。电子商务的进行需要支付与结算，这就应有高质、高效的金融服务及其电子化的配合。由于金融服务的水平和电子化程度都还不高，中国的金融业亟需适应全球一体化进程而加快变革步伐。

信息网络的环境、条件和安全问题。作为一个安全的电子商务系统，首先必须具有一个安全、可靠的通信网络，以保证交易信息安全、迅速地传递;其次必须保证数据库服务器绝对安全，防止黑客闯入网络盗取信息。对于中国来说，网络产品几乎都是“舶来品“，本身就隐藏着不安全隐患，加之受技术、人为等因素的影响，不安全因素更显突出。

跨部门、跨地区的协调问题。参与电子商务的不仅仅是交易双方，更重要的是，它还涉及工商行政治理、海关、保险、财税、银行等众多部门和不同地区、不同国家，这就需要有统一的法律、行政框架以及强有力的综合协调组织。

人员素质和技能问题。电子商务是新生事物，它的知识亟需普及。全世界因特网网上的商业用户和家庭用户急剧增加，但因特网的使用者仍集中在年龄为15~50岁之间、中上收入水平、受过中等以上教育的中青年，并以男性为主。对中国来说，非凡需要提高商务人员的业务素质和网络技能。

网络基础设施建设问题。要想实现真正实时的网上交易，要求网络有非常快的响应速度和较高的带宽，这必须由硬件提供对高速网络的支持。我国网络的基础设施建设还比较缓慢和滞后，已建成的网络其质量离电子商务的要求相距甚远。另一方面，上网用户少，网络利用率低，致使网络资源大量闲置和浪费，投资效益低，严重制约着网络的进一步发展。同时，与银行、税务等十几个部门的联网尚未实现。因此，如何加大基础设施建设的力度，提高投资效益，改变网络通信方面的落后面貌，应是促进电子商务应用普及的首要问题。