怀孕三个月起诉离婚孩子的抚养权原则上先由双方协商，协商不成的，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。一般情况下，哺乳期的孩子由母亲抚养，有特殊情况的除外。

一、非婚生子女与否孩子的抚养权归谁

非婚生子女的抚养权归属问题参照婚生子女的标准解决，处于哺乳期的孩子，一般由母亲抚养，母亲有不事宜与孩子一起生活的情形的除外；哺乳期后的孩子由双方协商抚养权归谁，协商不成由法院判决；如果孩子是十周岁以上的，则参考孩子自己的意愿。

二、孩子抚养权判给谁

一般情况下，协议一致的话，不需要判断抚养权。如果双方协商的话，这部分将不会在离婚诉讼中被判决。离婚时父母权的归属可以双方协商。谈判失败的话，需要在法院裁决。不满2岁的情况下，一般给予女性抚养权。夫妇双方的教育背景、工作、收入、年龄、家庭环境、孩子的年龄等在离婚后，哺乳期养育孩子的原则是遵从哺乳期的母亲。因哺乳后儿童的抚养权纠纷，双方不能达成协议的，人民法院根据孩子的权益和双方的具体情况作出判决。

三、离婚孩子应该判给谁

夫妻离婚孩子已满两周岁的，孩子父母对抚养权的归属问题进行协商，协商不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿，即孩子愿意跟母亲生活，抚养权人就是母亲，反之孩子父亲就是孩子的抚养权人。如果孩子还处于哺乳期的，原则上抚养权判归母亲。