房屋确权争议的处理方式主要有协商、调解、仲裁和诉讼这几种。房屋纠纷协商不成的情况要找的部门有民事纠纷调解组织，即村委会或居委会等；房屋合同中有约定仲裁的，找仲裁庭；同时，协商不成也不愿调解的，可以找法院起诉。

农村房屋确权流程

1、农村房屋所有人，领取由当地的土地管理部门印发的《农村宅基地使用权申报登记表》，要符合一户一宅的原则。

2、当地村委会或者镇政府出具的农村房屋宅基地的相关证明，比如宅基地的审批手续，房屋的规划许可证等手续。

3、国土部门对农民自有的宅基地范围、界线、权属性质、用途等情况进行实地调查、记录并经相邻各方认定，填写宅基地地籍调查表，绘制宗地草图，对农民的宅基地界定位置。

4、组织宅基地周边相邻地块的农民一起去现场指认各自界限，并且在双方都认可的界限、界址点共同签名盖章。

5、经土地主管部门审核，认为界限清楚没有争议的进行公告。

6、在公告期满后，由当地县政府签发农村宅基地使用权证。

7、农村房屋所有人拿着宅基地使用权证书和规划许可证向向当地房管所提交申请，经过房管所的公告及审批后，领取房产证，同时缴纳办证所需要的费用。

《中华人民共和国民法典》

第二百三十三条物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。