一般有两种方式，一是纳税人自行向主管税务机关申报缴纳车船税，另一种方式是纳税人在办理机动车交通事故责任强制保险时由保险机构代收代缴车船税。现在开通了网上业，也可以在网上直接缴纳。

《中华人民共和国车船税法实施条例》第十一条车船税由地方税务机关负责征收。

第十二条机动车车船税扣缴义务人在代收车船税时，应当在机动车交通事故责任强制保险的保险单以及保费发票上注明已收税款的信息，作为代收税款凭证。

第十三条已完税或者依法减免税的车辆，纳税人应当向扣缴义务人提供登记地的主管税务机关出具的完税凭证或者减免税证明。

第十四条纳税人没有按照规定期限缴纳车船税的，扣缴义务人在代收代缴税款时，可以一并代收代缴欠缴税款的滞纳金。