处理版权许可合同纠纷的方法：

1、调解，双方通过沟通协调或向国家规定的合同管理机关申请调解；

2、仲裁，双方根据合同约定的仲裁条款，向著作权机构申请仲裁；

3、诉讼，当事人向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院判决。

根据最高人民法院《中华人民共和国著作权法》第五十五条的规定，著作权纠纷可以调解，也可以根据当事人达成的书面仲裁协议或者著作权合同中的仲裁条款向仲裁机构申请仲裁。当事人没有书面仲裁协议，也没有在著作权合同中订立仲裁条款的，可以直接向人民法院起诉。

仲裁解决版权许可合同纠纷的好处是什么？

与法院诉讼相比，仲裁的优点是：

1、解决争议较为迅速；

2、由于仲裁员对特定行业的习俗惯例具有专业知识，可以省去一些查证的麻烦和费用；

3、由于仲裁的程序和结果可以不公开，有助于维护当事人的声誉。

在我国，著作权合同纠纷可以向著作权仲裁机构申请仲裁，但必须在著作权合同中约定仲裁条款，或在纠纷发生后双方达成书面仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁。如果双方既未在著作权合同中约定仲裁条款，又未在纠纷发生后达成书面仲裁协议，仲裁机构不予受理。

《中华人民共和国著作权法》第五十五条主管著作权的部门对涉嫌侵犯著作权和与著作权有关的权利的行为进行查处时，可以询问有关当事人，调查与涉嫌违法行为有关的情况；对当事人涉嫌违法行为的场所和物品实施现场检查；查阅、复制与涉嫌违法行为有关的合同、发票、账簿以及其他有关资料；对于涉嫌违法行为的场所和物品，可以查封或者扣押。

主管著作权的部门依法行使前款规定的职权时，当事人应当予以协助、配合，不得拒绝、阻挠。