确认强拆违法中如果发生了纠纷是由法院认定违建。

1、两个时间节点前建造的房屋

首先，《土地管理法》经审议通过。该法规定农村居民建造房屋使用的土地，不得超过省、自治区以及直辖市规定的标准。但是由于法不溯及既往，在之前建造的房屋并没有相关法律法规对其进行限制规定，因而不应当作为违法建筑处理。拆迁部门对之前建造的房屋认定为“违建”的，于法无据，被拆迁方可通过行政复议或者行政诉讼进行维权。

其次，由于《城乡规划法》通过实施，并规定建造房屋必须拥有建设工程规划许可证，但对于之前拥有合法土地使用权的房屋，由于并没有相关的条文和处罚决定，因而不能被轻易认定为“违建”。

2、未批先建，存在程序违法的房屋

根据《土地管理法》第六十二条的相关规定，农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。同时，根据《城乡规划法》第六十五条，对于未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可进行建设的，可以由乡镇人民政府责令限期改正。因而，对于没有办理批建手续，但拥有选址意见书，符合宅基地使用标准的违法建筑，属于程序违法的建筑，要求其缴纳相关费用并补齐程序后，不能随便认定为“违建”。

3、招商引资兴建的房屋

很多地方为了促进经济发展，成立相关的招商局进行招商引资，并同意其先在土地上兴建厂房，后补办手续，但由于土地性质等各项问题导致企业在办理部分手续时无法办理。这种厂房不得随便认定为“违建”，政府招商引资作出的明文规定或红头文件是对建筑合法性的认定，若日后再认定为“违建”，有损政府公信力。

4、从政府手中买断的土地使用权及地上建筑物

政府通过招标、拍卖的方式出售乡镇企业的剩余土地使用权，若在拍卖过程中出现地上建筑物没有相关证件手续的情况，在私营企业收购该土地使用权和地上附着物后，不应当认定为“违建”。

一、拆除违章建筑的法律依据是什么？

《中华人民共和国行政强制法》第四十四条规定了“对违法的建筑物、构筑物、设施等需要强制拆除的，应当由行政机关予以公告、限期当事人自行拆除。当事人在法定期限内不申请行政复议或者提起行政诉讼，又不拆除的，行政机关可以依法强制拆除。”

根据《中华人民共和国土地管理法》第七十六条规定：“未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。”

第七十七条规定：“未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”

第八十三条规定：“依照本法规定，责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施的，建设单位或者个人必须立即停止施工，自行拆除；对继续施工的，作出处罚决定的机关有权制止。建设单位或者个人对责令限期拆除的行政处罚决定不服的，可以在接到责令限期拆除决定之日起十五日内，向人民法院起诉；期满不起诉又不自行拆除的，由作出处罚决定的机关依法申请人民法院强制执行，费用由违法者承担。”