公司内部制度不健全主要有以下法律风险：容易出现公司僵局。公司在存续运行中由于股东、董事之间矛盾激化而处于僵持状况，导致股东会、董事会等公司机关不能按照法定程序作出决策，从而使公司陷入无法正常运转，甚至瘫痪的状况。

一、股东会可以撤销董事会的决议吗

股东会能否直接撤销或变更董事会的决议，应区别处理：(一)内容违反法律、行政法规的董事会决议根据我国公司法规定，股东会有权宣告此类决议无效。(二)会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规、公司章程或决议内容违反公司章程的董事会决议根据我国公司法规定，对于该类董事会决议股东会无权直接撤销或变更。(三)违反股东会决议的董事会决议股东会是公司法确立的公司的权力机构，股东会有权予以撤销或以股东会决议的形式要求董事会自己撤销。(四)董事会超越职权范围所做董事会决议的撤销。在董事会的决议超出其职权范围时，作为公司权力机构及最高决策机构的股东会有权进行追认、变更、废除或予以撤销。(五)董事会在其职权范围所作出不存在瑕疵的董事会决议。该类决议系董事会依法、依规履行职责所形成的，股东会无权予以变更或撤销。

二、新公司法规定股东有哪些权利和义务

1、股东身份权。公司法规定，有限责任公司成立后，应当向股东签发出资证明书，并应当置备股东名册，记载股东的姓名或者名称及住所、股东的出资额和出资证明书编号。2、参与重大决策权。有权决定公司的经营方针和投资计划，审议批准公司的年度财务预算方案、决算方案、利润分配方案和弥补亏损方案，对公司增加或者减少注册资本作出决议，对发行公司债券作出决议，对公司合并、分立、变更公司形式、解散和清算等事项作出决议，修改公司章程等3、选择、监督管理者权。4、资产收益权。资产收益权最直接的体现就是股东按照实缴的出资比例或者章程规定的其他方式分取红利，与此相联系，在公司新增资本时，除非公司章程另有约定，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。5、知情权。股东虽然将公司的经营权授予了董事会和经理管理层，但是，股东依然享有了解公司基本经营状况的权利。6、关联交易审查权。7、提议、召集、主持股东会临时会议权。股东会应当按照章程规定按期召开定期会议，以保障股东的参与重大决策的权利。8、决议撤销权。由于股东会实行资本多数决制度，小股东往往难以通过表决方式对抗大股东。9、退出权。公司法规定，公司成立后，股东不得抽逃出资。10、诉讼权和代位诉讼权。董事、高级管理人员违反法律、行政法规或者公司章程的规定，损害股东利益的，股东可以向人民法院提起诉讼。