农村土地流转纠纷的原因有：

1、土地承包权不清。土地流转过程中农户间的纠纷可以归结为承包权不清引起的经济纠纷。

2、农民缺乏维权意识和法律知识。在生活实践中，大多数农民不熟悉土地流转的方式，大多采用口头协议形式，缺乏必要的书面形式。

3、行政干预、权力滥用侵蚀农民利益。很多农村土地纠纷产生是因为村级组织和政府职能部门的权力滥用，损害农民利益

。

4、管理机制不健全。

农村土地流转纠纷的解决方法是：

1、明晰产权，协调利益关系。明晰的产权关系和产权各项权能主体权利义务范围的明确界定是实现农村土地流转的必要前提。

2、完善对被征地农民的补偿安置制度，健全最低生活保障体系。完善农地非农化过程中对被征地农民的补偿安置制度，制定合理可行的农地补偿标准。

3、加强对失地农民的就业培训，增强其再就业能力。

4、进行适当的就业安置，稳定承包关系。

一、新政策开通房屋土地使用证需要到哪里办

房屋土地使用证新政策：

1、完善土地征收制度，缩小土地征收范围，探索制定征收目录,严格界定公共利益用地范围，完善对被征地农民合理、规范、多元保障机制。

2、建立农村集体经营性建设用地入市制度，赋予农村集体经营性建设用地出让、租赁、入股权能,明确入市范围途径。

3、改革完善农村宅基地制度，探索进城落户农民自愿有偿退出或转让宅基地，改革宅基地审批制度。

二、土地承包经营权登记的作用有哪些

农村土地承包经营权确权登记，是指登记机构依法将农村土地承包经营权归属和其他法定事项记载于农村土地承包经营权登记簿的行为。农村土地承包经营权确权登记颁证的作用是，解决农村承包土地存在面积不准、四至不清、空间位置不明和登记簿不健全的问题。赋予农民对承包地占有、使用、收益、流转及经营权抵押、担保权能，规范农村土地经营权流转，保护耕地和节约集约利用土地，解决农村土地承包矛盾纠纷。