在中世纪，欧洲盛行政教合一制度，国家政权与宗教合而为一，宗教成为国教，教规就是国法，公民必须信奉和遵守，公民没有信仰宗教与否的自由。

资产阶级登上历史舞台后，提出了政教分离的口号，宗教信仰自由的要求也随之产生。法国1789年《人权与公民权宣言》规定：任何人都不得因其意见、甚至信教的意见而遭受干涉。1791年生效的美国宪法修正案第1条规定国会不得制定确立宗教或禁止信仰自由的法律，排除了国家利用政权确立国教并强制公民信仰的可能。后来，政教分离和宗教信仰自由的原则得到了多数国家的普遍承认。中华人民共和国的历次宪法都规定了公民有宗教信仰的自由。1982年宪法更明确规定，任何国家机关、社会团体和个人不得强制公民信仰宗教或者不信仰宗教，不得歧视信仰宗教和不信仰宗教的公民。国家保护公民从事正常的宗教活动;同时，禁止任何人利用宗教进行破坏社会秩序、损害公民的身体健康或妨碍国家教育制度的活动;宗教团中国基督徒在进行宗教活动体和宗教事务不受外国势力的支配，不与外国的宗教组织和团体发生组织上的隶属关系。

在我国，宗教信仰自由历来是宪法和法律所保护的重要权利，但公民行使宗教信仰自由应遵循三原则，即合法性原则、宗教与国家教育制度的分离原则、独立办教原则。