集体商标和证明商标注册申请的实质审查是对商标是否具备注册条件的审查，是依照《商标法》的有关规定审查，即商标是否属于《商标法》第十条禁用之列；商标是否具有显著特征，便于识别(《商标法》第十一条)；商标是否与在先权利冲突(《商标法》第二十八条和第二十九条。

根据集体商标和证明商标的含义，实质审查有其特殊方面，具体如下：

1、集体商标的审查

根据《商标法》第三条集体商标的定义和《商标法实施条例》第六条的规定集体商标实质审查除上述内容之外还需要审查注册人的主体资格和该商标的使用管理规则-

对集体商标的申请人资格的审查已在第二章第一节中说明。

对集体商标使用管理规则的审查包括：

(1)使用该集体商标的宗旨，其目的和意义不得违反法律规定和公共秩序：

(2)是否对使用集体商标的商品或者服务的质量提出特定要求及其在使用中如何实施检验所定的制度；

(3)使用者是否为其成员和函概其所有的集体成员，是否具有公正性；

(4)是否规定了其集体成员使用该商标的具体条件，如何与其成员履行使用该商标的手续；

(5)是否规定集体成员的权利、义务和违反该规则应该承担的责任：

(6)收取的管理费是否用于其商标的管理，不得以赢利为目的：

(7)注册人的权利和义务是否符合法律规定。

2、证明商标的审查

根据《商标法》第三条证明商标的定义和《商标法实施条例》第六条的规定，证明商标实质审查还需要审查注册人的主体资格和该商标的使用管理规则。

证明商标是由多人共同使用的商标，该商标的使用具有引导消费者选择商品或者服务的意义，与消费者的利益密切相关。因此，在审查申请人的资格时主要考虑申请人是否具备其申请注册的证明商标所要证明商品特定品质的监督能力。

对证明商标使用管理规则的审查包括：

(1)使用该证明商标的宗旨，其目的和意义不得违反法律规定和公共秩序；

(2)该商标证明的商品或者服务的特定品质和特点及其是否具有的真实性；

(3)使用者使用该商标的条件及手续；

(4)是否规定了使用者的权利、义务和违反该规则应承担的责任：

(5)是否制定了证明商标在使用中申请人对标示该商标的商品实施检验的制度；

(6)收取的管理费是否用于其商标的管理，不得以赢利为目的；

(7)注册人的权利和义务是否符合法律规定：

3、地理标志的审查

作为集体商标或者证明商标的地理标志，实质审查还应包括：

(1)该地理标志所标示的商品的特定品质、信誉或者其他特征：

(2)该商品的特定品质、信誉或者其他特征与该地理标志所标示的地区的自然因素和人文因素的关系；

(3)该地理标志所标示的地域范围。

地理标志的注册由商标局依事实来认定。