(一)主观的目的不同。本罪采用毁坏机器设备、残害耕畜等手段，虽然会造成财物的毁坏，但这不是行为人的目的，行为人的目的是通过上述手段来毁坏生产经营，进而达到自己泄愤报复或者其他个人的不法目的。毁坏机器设备、残害耕畜等仅仅是实现其目的的手段;而后罪其目的就是将公私财物加以毁坏，使其部分甚或全部丧失价值或使用价值。
(二)所侵害的对象不同。本罪的对象是特定的财物，即与生活经营活动直接相关的已经投人使用的机器设备、服役期间的耕畜等。而正是通过这些直接关系到生产经营活动的财物的毁坏进而实现破坏生产经营的意图。倘若与生产经营无关，如在仓库中备用或闲置不用的财物，即使是机器设备，亦不能成为本罪对象，但可以构成故意破坏财物罪的对象，后者还包括生活资料。
(三)直接客体不同。本罪所侵害的是国有的、集体的以及个人的生产经营工常活动;而后者则是公私财物的所有权。
二、破坏生产经营罪的量刑标准是什么?
我国刑法第二百七十六条规定：由于泄愤报复或者其他个人目的，毁坏机器设备、残害耕畜或者以其他方法破坏生产经营的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制;情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
三、故意毁坏财物罪量刑标准
《刑法》第二百七十五条规定，犯故意毁坏财物罪的，处3年以下有期徒刑、拘役或者罚金;数额巨大或者有其他严重情节的，处3年以上7年以下有期徒刑。
“情节特别严重”，是指毁坏个人财物，导致他人精神失常的;破坏生产、经营设备设施，造成停产或经营停止，引起重大损失;破坏手段极其恶劣的;等等。
四、故意损毁财物罪立案标准是什么?
第三十三条[故意毁坏财物案(刑法第二百七十五条)]
故意毁坏公私财物，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
(一)造成公私财物损失五千元以上的;
(二)毁坏公私财物三次以上的;
(三)纠集三人以上公然毁坏公私财物的;
(四)其他情节严重的情形。
不管从哪方面来说，故意损坏财物罪和破坏生产经营罪之间也没有任何的可比性，当然也有些员工因为个人对公司的不满，可能会去故意破坏公司的一些机器设备，这种做法实际上还是按照故意损坏财物罪来定罪量刑的，因为破坏机器设备是故意损坏财物的表现形式。
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