公司合并对股东权益可能会产生以下影响：公司合并过程中公司的所有者和经营者两者分离导致的股东和董事之间的利益冲突，股东凭借控股比例分红、表决导致的大股东和小股东之间的利益冲突使得股东权益处于不利地位，尤其是中小股东的权益很容易遭到侵害。

一、为什么会设置股权回购请求权

出于下列原因要设股权回购请求权：为了保护中小股东权益。公司股东会作出有损股东权益的决议时，股东可以通过行使股权回购请求权保护自身合法权益。股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以向人民法院提起诉讼。

二、如何进行小股东权益保护

有下列方法：

1.完善股东的知情权，对董事、监事的质询权，强制控股股东披露其与公司的关联交易的相关信息，使小股东能对其进行监督。

2.强化董事的义务与责任，规定董事不履行义务的救济措施，董事执行职务过程中故意、重大过失损害小股东权益应对小股东承担赔偿责任。

3.强化经理等高级管理人员的义务和责任，规定经理不履行维护小股东权益义务的救济措施。

三、大股东侵犯小股东权益的案件有哪些

大股东侵犯小股东权益的案件如下：

1、违反法律或者章程故意拖延或者拒绝支付股息；

2、违反法律或章程规定，为少数股东参加股东大会附加不合理条件；

3、利用公司资金为大多数股东提供优惠贷款或高价租赁财产；

4、不合理拒绝向少数股东提供或隐瞒公司经营状况、资产等必要信息；

5、恶意增加公司资本，迫使少数股东因无法认购新股而进一步降低持股比例；

6、操纵公司股价，迫使少数股东低价出售股票等。