公司可以对瑕疵出资的股东的权利进行限制。根据我国法律和相关司法解释的规定，股东未履行或者未全面履行出资义务，公司或者其他股东请求其向公司依法全面履行出资义务的，人民法院应予支持。

一、公司法股东不履行出资义务怎样处理

股东不履行出资义务的，可以限制该股东权利。追究该股东的出资义务及违约责任。

公司全面出资的股东有权提起诉讼，要求该股东全面履行出资义务，同时按照公司章程或出资协议承担违约责任；要求该股东将未出资的股权内部转让出资到位的股东可以与该股东协商要求其将未出资部分的股权内部转让，之后由受让股权的股东履行出资义务。

二、股东违反出资义务的责任

如股东未依照章程规定依法缴纳出资的法律责任是：

1、公司或者其他股东可以要求违反出资义务的股东补足出资；

2、公司或者其他股东可以要求违反出资义务的股东承担违约责任；

3、公司债权人可以主张没有履行出资义务的股东对公司不能清偿的债务，在未出资的本息范围内承担补充赔偿责任；

4、公司可以依据公司章程或者股东会决议对其利润分配权、新股优先认购权、剩余财产分配权等股东权利进行合理的限制；

5、有限责任公司以股东会决议解除未履行出资义务股东的股东资格。

三、股东拒不出资解除股东资格的依据是什么

股东拒不出资，公司可依法解除其股东资格。依据我国相关法律规定，有限责任公司的股东未履行出资义务或者抽逃全部出资，经公司催告缴纳或者返还，其在合理期间内仍未缴纳或者返还出资，公司以股东会决议解除该股东的股东资格，该股东请求确认该解除行为无效的，人民法院不予支持。