工程款超过三年，可以起诉。当事人对工程款有纠纷的，可以直接去人民法院提起民事诉讼，请求人民法院作出判决，人民法院应当进行审查，审查后，发现符合起诉条件的，应当准予立案审理，对于超过诉讼时效的案件，被告不提出时效抗辩的，人民法院应当继续对案件进行审理，有提出时效抗辩的，人民法院应当驳回起诉。因此工程款超过三年，也可以起诉，只要符合起诉条件，人民法院还是会立案处理，但是超过诉讼时效了，会影响当事人的胜诉权。

一、过了过了诉讼期还能起诉吗

可以向法院起诉，法院会受理，但如果被告提出诉讼请求已经超过诉讼时效，法院经审查属实，会驳回诉讼请求。超过诉讼时效期间，权利人丧失胜诉权，即使向人民法院起诉，法院也不再保护其权利，是指在法律上没有了请求法院裁判保护该权利的权利，这是一种程序上的权利，但从该法律关系构成上分析，当事人仍有实体权利，即有接受该权利履行的权利，该实体权利并没有丧失。通俗一点说就是，可以起诉，但是如果被告提出诉讼请求已经超过诉讼时效，就会被法院驳回起诉。

二、合同期过5年还可以起诉吗

合同过期但是当事人有合理诉求的都可以依法提起诉讼。

我国法律规定，当事人超过诉讼时效期间起诉的，人民法院应予受理。受理后对方当事人提出诉讼时效抗辩，人民法院经审理认为抗辩事由成立的，判决驳回原告的诉讼请求。