生态保护补偿，主要是指对生态系统和自然资源保护所获得效益的奖励或破坏生态系统和自然资源所造成损失的赔偿。2016年5月，国务院办公厅发布《关于健全生态保护补偿机制的意见》，对生态保护补偿制度作了比较具体的规定。该意见确立了“谁受益，谁补偿”的基本原则，并明确到2020年，要实现森林、草原、湿地、荒漠、海洋、水流、耕地等重点领域和禁止开发区域、重点生态功能区等重要区域生态保护补偿全覆盖，补偿水平与经济社会发展状况相适应，跨地区、跨流域补偿试点示范取得明显进展，多元化补偿机制初步建立，基本建立符合我国国情的生态保护补偿制度体系，促进形成绿色生产方式和生活方式。生态补偿制度的建立和实施，总体上不外两方面：一方面，加强行政手段的运用，由政府通过财政转移支付等手段，推动生态补偿。有关地方人民政府应当落实生态保护补偿资金，确保其用于生态保护补偿。这是我国目前开展生态补偿的主要途径。另一方面，加强市场手段的运用，通过保护者与受益者之间的协商，达到生态补偿的目的。在这方面，地方已经积累了成功的经验。2011年3月，财政部、环保部印发《关于启动实施新安江流域水环境补偿试点工作的函》，明确由中央财政、浙江和安徽政府各出一部分资金，通过相互协商，建立合理的生态补偿机制。从实际运作情况看，效果明显。