存疑不起诉与相对不起诉的区别主要是起诉的条件不同，并且概念也是存在差异的。

1、《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十三条第二款规定，相对不起诉，是指人民检察院对侦查机关侦查终结移送审查起诉的案件，经过审查后，认为犯罪嫌疑人的犯罪行为情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚时，依法作出不起诉的决定。在相对不起诉的条件下，人民检察院既可以作出不起诉决定，也可以作出起诉决定。此时需要向上级检察院报送不起诉意见书。

2、存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。

此规定中包括两个条件：

(1)案件已经经过了补充侦查。这是对案件已经经过补充侦查，仍作不起诉决定的时机控制，也是作该决定的程序条件。一般而言，未进一步收集证据就认为不符合起诉条件。

(2)证据不足，不符合起诉条件的。这是指证据不足以充分证明犯罪嫌疑人的罪行，以至于即使提起公诉，法院经过开庭审理，也很可能会宣告被告人无罪。

二、适用相对不起诉应具备的法定条件有哪些？

1.人民检察院认为犯罪嫌疑人的行为已经构成犯罪，应当负刑事责任。

案件事实清楚，证据确实、充分，犯罪嫌疑人的行为依照刑法规定已经构成犯罪，依法可以追究刑事责任。

2.犯罪行为情节轻微。

从犯罪嫌疑人实施犯罪行为的手段、对象、危害后果、动机、目的等情况以及犯罪嫌疑人的年龄、一贯表现等综合考虑，认为犯罪情节轻微。

3.依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚。

三、存疑不起诉的具体情形有哪些？

根据最高人民检察院《规则》第286条的规定，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：

(1)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的；

(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的；

(3)据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的；

(4)根据证据得出的结论具有其他可能性的。