传染病菌种扩散罪的立案标准为：从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传染病菌种、毒种扩散，后果严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。

传染病菌种扩散罪的构成行为

1、罪体

（1）主体传染病菌种、毒种扩散罪的主体是从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员。

（2）行为传染病菌种、毒种扩散罪的行为违反国务院卫生行政部门的有关规定。至于具体行为，刑法并未明文列举。因此，应当根据有关规定确定本罪的具体行为。

（3）客体传染病菌种、毒种扩散罪的客体是传染病菌种、毒种。

（4）结果传染病菌种、毒种扩散罪的结果是造成传染菌种、毒种扩散，后果严重。这里的扩散，是指传染病菌种、毒种离开保藏、实验、运输的容器，进入其他范围，在一定区域内传播。后果严重，是指造成不特定多数的人体、动植物重伤、死亡或者其他严重损伤。

2、罪责

传染病菌种、毒种扩散罪的责任形式是过失。这里的过失，是指应当预见自己的行为可能造成传染病菌种、毒种扩散的结果，因为疏忽大意而没有预见或者已经预见但轻信能够避免，以致造成严重后果的主观心理状态。

《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》第五十条

从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传染病菌种、毒种扩散，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：

（一）导致甲类和按甲类管理的传染病传播的；

（二）导致乙类、丙类传染病流行、暴发的；

（三）造成人员重伤或者死亡的；

（四）严重影响正常的生产、生活秩序的；

（五）其他造成严重后果的情形。