一、民法典中已经备案合同能否撤销

民法典规定，已经备案的合同，如果出现欺诈、重大误解等可撤销的情形时，当事人可以向仲裁机构或者人民法院申请撤销。《中华人民共和国民法典》第一百四十七条【基于重大误解实施的民事法律行为的效力】基于重大误解实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。第一百四十八条【以欺诈手段实施的民事法律行为的效力】一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。第一百五十条【以胁迫手段实施的民事法律行为的效力】一方或者第三人以胁迫手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。第一百五十二条【撤销权的消灭】有下列情形之一的，撤销权消灭：

（一）当事人自知道或者应当知道撤销事由之日起一年内、重大误解的当事人自知道或者应当知道撤销事由之日起九十日内没有行使撤销权；

（二）当事人受胁迫，自胁迫行为终止之日起一年内没有行使撤销权；

（三）当事人知道撤销事由后明确表示或者以自己的行为表明放弃撤销权。当事人自民事法律行为发生之日起五年内没有行使撤销权的，撤销权消灭。

二、合同撤销的后果

1、返还财产适用于已经履行的合同，是指因该合同交付了财产的当事人对已交付给对方的财产享有返还请求权，而已经接受财产的当事人则负有返还财产的义务。

因该合同取得的财产，包括所交付的财产及其孳息和所支付的费用；

2、折价补偿是指当事人对应当返还而不能返还或者没有必要返还的财产，予以折价补偿。

不能返还，包括事实上不能返还和法律上不能返还两种情况。

事实上不能返还，是指属于无形财产的专有技术、信息资料等，即使返还也已失去其原有的价值；

法律上不能返还，是指财产已经转让给善意第三人，善意第三人对该财产已取得所有权。

没有必要返还，主要是指当事人相互协商，认为不采用返还财产的方式对双方都有利，因而不必要返还；

3、赔偿损失是指有过错的一方应当赔偿对方因合同无效或者被撤销所遭受的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

合同被撤销后，因该合同取得财产，应当予以返还，不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。

有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

通过以上的分析，依据《民法典》的规定，如果已经备案的合同，是基于重大误解、显失公平、欺诈、胁迫等情形签订的，当事人可以向仲裁机构或者人民法院申请撤销合同。