建设工程合同诉讼时效一般是三年，根据质量缺陷不同，诉讼时效也不同。如果是销售不合格货物未经申报的短期时效，一般诉讼时效为两年。诉讼时效从阶段性质量验收中，发现缺陷时或阶段性质量验收不合格之日起开始计算，建筑质量缺陷纠纷委托鉴定的，以鉴定单位出具鉴定意见后两年为准。如果建筑合同的权利人提起诉讼的时间超过了三年，那么即使是具有证据效力的建筑合同，法院也有可能不认定。

建设工程质量保证金

《建设工程质量保证金管理暂行办法》第二条规定：本办法所称建设工程质量保证金（保修金）（以下简称保证金）是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。

缺陷是指建设工程质量不符合工程建设强制性标准、设计文件，以及承包合同的约定。

缺陷责任期一般为六个月、十二个月或二十四个月，具体可由发、承包双方在合同中约定。

第九条、缺陷责任期内，承包人认真履行合同约定的责任，到期后，承包人向发包人申请返还保证金。

第十条、发包人在接到承包人返还保证金申请后，应于14日内会同承包人按照合同约定的内容进行核实。如无异议，发包人应当在核实后14日内将保证金返还给承包人，逾期支付的，从逾期之日起，按照同期银行贷款利率计付利息，并承担违约责任。发包人在接到承包人返还保证金申请后14日内不予答复，经催告后14日内仍不予答复，视同认可承包人的返还保证金申请。

在具体活动实施中，必须依据相关国家法律法规，做好协议和备份，依据事先约定的合同认真办事，减少纠纷，保证工程建设的顺利有效实施。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条【普通诉讼时效、最长权利保护期间】向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。