在个税缴纳上，与工薪族相比，个体户的确难以享受到扣除费用提高带来的好处。除下岗失业人员从事个体经营享受3年免征个人所得税等少数优惠政策外，个体工商户在个人所得税方面没有什么优惠。但是，党中央、国务院近年来发布了一系列政策，大力扶持个体、私营经济的发展，特别是在减轻个体经营者负担方面，采取了切实有效的措施。

从2003年1月1日起，国家大幅度提高了个体户增值税和营业税的起征点。增值税方面，销售货物的起征点从原来的月销售额600元~2000元调整为月销售额2000元~5000元，销售应税劳务的起征点从原来的月销售额200元~800元调整为月销售额1500元~3000元等；营业税方面，按期纳税的起征点从月营业额200元~800元调整为月营业额1000元~5000元，按次纳税的起征点从每次（日）营业额50元调整为每次（日）营业额100元。

自2004年1月1日起，对于销售水产品、畜牧产品、蔬菜、果品、粮食等农产品的个体工商户，以及以销售上述农产品为主的个体工商户，其起征点一律确定为月销售额5000元，按次纳税的，起征点一律确定为每次（日）销售额200元。

在个体工商户经营者中，有一部分属于下岗失业人员，他们享受的税收优惠更多：下岗失业人员从事个体经营（除建筑业、娱乐业以及广告业、桑拿、按摩、网吧、氧吧外）的，自领取税务登记证之日起，3年内免征营业税、城市维护建设税、教育费附加和个人所得税。

增值税和营业税的起征点的大幅提高，切实减轻了个体工商户的流转税税负。据国家税务总局发布的数据，因起征点提高，仅2003年就减免个体户增值税和营业税近50亿元。其中，未达到增值税起征点的个体工商户共计4271225户，包括下岗失业人员514440户，全年共减免增值税31亿多元；未达到营业税起征点的个体工商户共计1334299户，包括下岗失业人员177055户，全年共减免营业税18亿多元。