关键在侵犯的对象不同。破坏交通设施罪和破坏交通工具罪都是危害交通运输安全的犯罪，两者的主要区别在于侵犯的对象不同。1、破坏交通工具罪侵犯的对象则直接指向正在使用中的火车、汽车、电车、船只、航空器等交通工具本身，通过破坏交通工具本身，来引起交通工具发生倾覆、毁坏危险。2、破坏交通设施罪侵犯的对象是正在使用中的轨道、桥梁、隧道、公路、机场、航道、灯塔、标志等保证交通工具正常行驶的交通设施。

破坏交通工具罪与非罪的认定

行为人必须破坏了交通工具的重要部位和机件，如交通工具的操作驾驶系统，制动、刹车系统，导航系统等，也只有破坏这些关键部位才可能使交通工具发生倾覆、毁坏，进而危害公共安全。如果行为人只破坏了交通工具的座椅、门窗玻璃、卫生设备或者其他不影响安全行驶的辅助设备的，不构成本罪。

认定破坏交通工具的破坏程度，不应以给交通工具本身造成损失的价值大小为标准，而应以是否足以使交通工具发生倾覆、毁坏危险为根据。有的破坏行为可能只拆卸一个螺丝钉。一个螺丝钉本身的价值不大，但由于被拆卸，足以使交通工具发生倾覆、毁坏危险的，就构成破坏交通工具罪。

《中华人民共和国刑法》

第一百一十六条破坏火车、汽车、电车、船只、航空器，足以使火车、汽车、电车、船只、航空器发生倾覆、毁坏危险，尚未造成严重后果的，处三年以上十年以下有期徒刑。

第一百一十七条破坏轨道、桥梁、隧道、公路、机场、航道、灯塔、标志或者进行其他破坏活动，足以使火车、汽车、电车、船只、航空器发生倾覆、毁坏危险，尚未造成严重后果的，处三年以上十年以下有期徒刑。

第一百一十九条破坏交通工具、交通设施、电力设备、燃气设备、易燃易爆设备，造成严重后果的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。过失犯前款罪的，处三年以上七年以下有期徒刑；情节较轻的，处三年以下有期徒刑或者拘役。