股东出资不合法可以是否影响公司设立可以解析为两个问题：一是出资来源不合法，二是股东出资存在瑕疵的问题。

一、出资来源不合法对公司设立的影响

根据我国《公司法》第二十七条规定，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。我国现行《公司法》有关公司的设立条款并没有对股东的出资的来源作出要求，而是规定只要股东履行了出资义务，在公司成立后就可以获得股权。根据公司法的资本充实原则，股东出资后不得退回，除非有法定事由，如果出资取得的股权因资金来源违法而无效，必然导致出资返还，影响公司资本充实和利害关系人的利益。因而法律没有因为出资来源不合法否认公司的设立。

二、出资存在瑕疵

根据《公司法》规定，股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。股东以货币出资的，应当将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户；以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。股东不按照前款规定缴纳出资的，除应当向公司足额缴纳外，还应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。

公司的发起人、股东虚假出资，未交付或者未按期交付作为出资的货币或者非货币财产的，由公司登记机关责令改正，处以虚假出资金额百分之五以上百分之十五以下的罚款。如果违反相关规定，则应该承担相应的民事责任如，对其他股东承担违约责任，对债权人承担补充责任，还有行政责任，但是不影响公司的设立。

出资来源不合法不影响公司的设立，股东出资存在瑕疵可能导致公司瑕疵设立，但是并不必然导致公司设立失败。我国法律对此方面的规定趋于更宽容的态度，股东出资不合法一般不会对公司成立造成影响。股东本身也要因其违法行为对其他股东、公司债权人承担不同的责任。