犯本罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役，情节严重的，处五年以上有期徒刑。驾驶航空器、舰船叛逃的，或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。

情节严重通常是指，国（边）境值勤人员利用职务之便外逃的；组织他人外逃的；携带武器外逃的；行凶殴打或以暴力威胁国（边）境执勤人员外逃的等。战争正在进行期间越境外逃；乘执行战斗任务之机外逃等。

其他特别严重情节，是指胁迫他人叛逃的；策动多人或者策动军队中、高级指挥人员和其他负有重要职责（如机要人员）的人员叛逃的；携带重要或者大量军事秘密叛逃的；叛逃后为敌人效劳，进行严重危害国防安全活动的，等等。

构成本罪的行为人逃往的国家或者地区应属于非敌对性质的，如果逃往敌对国家或地区的，应当依照本法第l09条的投敌叛变罪论处；如果是擅离部队或者逾假不归，情节严重的，可按擅离军事职守罪、逃离部队罪等论处。

区分军人叛逃罪与逃离部队罪的界限

1、军人叛逃罪侵害的是边防地区安全秩序，而逃离部队罪侵害的是兵役秩序。

2、军人叛逃罪的行为人必须逃亡到境外，而逃离部队罪的行为人并不要求逃往境外。

3、主观方面，军人叛逃罪的行为人在主观上具有背叛的目的，而逃离部队罪的行为人在主观上仅有逃避服兵役的目的。

4、军人叛逃到境外的行为本身必然包含了逃离部队、逃避服兵役的行为，因此在适用法律上，应根据重罪吸收轻罪的原则，以军人叛逃罪论处，不能再定逃离部队罪实行数罪并罚。

《中华人民共和国刑法》第四百三十条在履行公务期间，擅离岗位，叛逃境外或者在境外叛逃，危害国家军事利益的，处五年以下有期徒刑或者拘役；情节严重的，处五年以上有期徒刑。