第一，涵盖范围不同。

劫持航空器罪，其破坏的对象，包含于交通工具之中。

第二，犯罪对象不同。

劫持航空器罪，其犯罪对象是航空飞行器，包括飞机、飞艇等。破坏交通工具罪，则主要针对是的话陆地交通工具、海上交通工具。

第三，造成危害不同。

前者很容易导致群体性死伤，后者造成群体性死伤的概率低于前者。

第四，量刑不同。

劫持航空器罪，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑;致人重伤、死亡或者使航空器遭受严重破坏的，处死刑。

破坏交通工具罪，足以使火车、汽车、电车、船只、航空器发生倾覆、毁坏危险，尚未造成严重后果的，处三年以上十年以下有期徒刑。破坏交通工具、交通设施、电力设备、燃气设备、易燃易爆设备，造成严重后果的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑;过失犯前款罪的，处三年以上七年以下有期徒刑;情节较轻的，处三年以下有期徒刑或者拘役。

第五，执法权不同。

劫持航空器罪犯，无论在哪一国家，所在国都有权将其抓捕。后者的执法权，则主要在犯罪分子所在国。

第六，国际合作不同。

对于劫持航空器行为，目前世界各国已经达成共识，共同应对。对于后者，国际合作上则有欠缺。

法律依据

《刑法》第一百二十一条以暴力、胁迫或者其他方法劫持航空器的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑;致人重伤、死亡或者使航空器遭受严重破坏的，处死刑。

第一百一十六条破坏火车、汽车、电车、船只、航空器，足以使火车、汽车、电车、船只、航空器发生倾覆、毁坏危险，尚未造成严重后果的，处三年以上十年以下有期徒刑。

第一百一十九条第一款破坏交通工具、交通设施、电力设备、燃气设备、易燃易爆设备，造成严重后果的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑;

过失犯前款罪的，处三年以上七年以下有期徒刑;情节较轻的，处三年以下有期徒刑或者拘役。