为什么允许侦查机关可以将部分行政证据作为指控犯罪证据使用呢?这些由行政机关收集的证据本来只能作为行政处罚的依据，为什么可以被确认了刑事诉讼的证据资格呢?

我国刑事司法的实践情况表明，大量刑事案件都是由行政案件转化而来的，行政处罚程序与刑事诉讼程序经常具有前后相连的关系。例如，侵犯知识产权、制造假冒伪劣商品、逃避缴纳税款、非法经营、逃避海关监管、交通肇事等案件，就处于行政违法与刑事犯罪的交叉地带，那些严重的行政违法案件完全有可能成为犯罪案件。在对上述案件的查处过程中，经常是工商行政管理机关、税务部门、海关、公安机关等率先启动行政执法程序，甚至作出了行政处罚决定。但在发现这些案件具备刑事追诉的条件之后，行政执法部门通常会将其移交刑事侦查部门启动刑事诉讼程序。这显然说明，行政违法与刑事犯罪之间的交叉和转换关系，决定了行政执法程序与刑事诉讼程序需要进行有效的衔接。其中，行政机关所收集的行政证据与侦查机关指控犯罪证据之间的转化，就属于这种程序衔接的有机组成部分。

之所以允许侦查机关直接使用行政机关收集的证据材料，主要有两个原因：一是这些证据一般都是不可重新收集的，如果要求侦查机关放弃行政机关收集的证据，而重新通过侦查方式收集证据，这会导致大量证据的灭失，无助于刑事追诉的成功;二是行政机关对实物证据的收集方式，与侦查机关的收集方式并无实质的区别，只要严格遵守行政执法程序，就不会造成侵犯个人权益的后果，因此对这些证据的采纳不会纵容行政机关的非法取证行为。

但是，修改后刑诉法为什么只允许侦查机关使用行政机关收集的实物证据呢?这主要是考虑物证、书证、视听资料、电子数据的客观性比较强，它们的证明力不会轻易受到取证主体和取证方式的影响，行政法与刑事诉讼法对这类证据的法律资格的限制没有明显的差异。不论是行政执法机关还是侦查机关，只要通过合法的搜查、扣押、提取等取证方法，都可以获取到合格的实物证据。相反，证人证言、被害人陈述、被告人供述、鉴定意见等都属于言词证据，它们的证明力非常容易受到取证主体、取证方式的影响。而行政法与刑事诉讼法对言词证据的证据能力提出了完全不同的限制条件。与实物证据相比，言词证据在刑事诉讼中的适用要受到更为严格的限制。不仅如此，刑事诉讼法对勘验笔录、检查笔录、搜查笔录、扣押清单、辨认笔录、侦查实验笔录等证据，在取证主体、取证方式、制作笔录等方面提出了一系列较为繁杂的程序要求，而相比之下，行政法对这些笔录的证据要求确实不可同日而语。正因为如此，侦查机关对行政执法机关所收集的证据，只限于使用其中的实物证据，而对其中的言词证据和笔录证据，侦查机关还需要重新制作和重新收集，而不能直接加以使用。