犯罪违法所得的处理方式应是：一般予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。违法所得，是指因为实施违法行为所获得的利益。

根据《刑法》第六十四条规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。

一、犯罪违法所得是否扣除成本

违法行为属于一般的违法经营行为，其违法所得应当扣除成本。

1.相对人从事的不是违法经营行为，而是单纯的违法行为或者侵权行为。

2.相对人经营的产品属于其不能使用、收益的违法产品。

3.根据法律规定能够推出计算违法所得不扣除成本的含义。

二、刑事违法所得的认定

违法所得的获取手段具有违法性。违法所得是行为人通过法律禁止的手段获取的，正是这个根本特征将违法所得与行为人的个人合法财产区别开来。由于违法所得的获取渠道是非法的，因此即使行为人事实上占有了金钱或财物，也不能获得法律承认的所有权，这也是对违法所得进行追缴或退赔处理的法律基础。

《最高人民法院、最高人民检察院关于适用犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得没收程序若干问题的规定》第六条规定，通过实施犯罪直接或者间接产生、获得的任何财产，应当认定为刑事诉讼法第二百八十条第一款规定的“违法所得”。违法所得已经部分或者全部转变、转化为其他财产的，转变、转化后的财产应当视为前款规定的“违法所得”。