行政赔偿程序是指受害人提起赔偿请求，赔偿义务机关履行赔偿义务的步骤、方法、顺序和形式等。我国将行政赔偿分为两种途径：一种是单独就赔偿问题向行政机关以及人民法院提出;另一种是在行政复议、行政诉讼中一并提起。

1、受害人提出财政行政赔偿请求。原则上要向财政局法规科递交赔偿申请书，必须载明受害人的姓名、性别、年龄、工作单位、职业、住所、具体的财政行政赔偿请求、要求赔偿的理由和事实依据、赔偿义务机关、申请的年、月、日。

2、财政部门受理与处理。法规科在收到申请书后，经审查认为赔偿申请符合条件的，应当通知申请人，并在2月内做出处理决定。处理不成的自2个月期间届满后3个月以内，赔偿请求人可以提起财政行政赔偿诉讼。

3、财政行政赔偿诉讼。是特殊的诉讼形式，它是法院根据赔偿请求人的诉讼请求，依照财政相关法律裁判赔偿争议的活动。

4、财政行政追偿。财政部门向请求人支付赔偿费用或履行赔偿义务以后，依法责令有故意或重大过失的公务员或受委托的组织或个人，承担全部或部分赔偿费用的制度。