处理企业分立合同纠纷的方法是：可以采取协商、调解、仲裁、诉讼方式处理。企业进行分立的，应当订立分立协议，按照规定办理登记。因分立合同发生纠纷的，可以依法向人民法院提起诉讼。

一、如何办理企业法人分立合并登记？

企业法人分立是指一个企业法人分成两个或两个以上企业法人。因分立而保留的企业应申请变更登记；因分立而新开办的企业应申请开业登记。企业法人合并是指两个或两个以上的企业法人，合并为一个企业法人或合并为一个新的企业法人。因合并而保留的企业，应申请变更登记，因合并而终止的企业，应申请注销登记；因合并而新开办的企业，应申请开业登记。企业法人分立、合并，它的权利和义务，由分立、合并后法人享有和承担。《公司法》第一百七十九条规定，公司合并或者分立，登记事项发生变更的，应当依法向公司登记机关办理变更登记；公司解散的，应当依法办理公司注销登记；设立新公司的，应当依法办理公司设立登记。公司增加或者减少注册资本，应当依法向公司登记机关办理变更登记。

二、企业公司转让债权债务怎么处理

企业转让债权债务按照以下规定处理：

《中华人民共和国公司法》第173条规定，公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。

第174条规定，公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。

第176条规定，公司分立前的债务由分立后的公司承担连带责任。但是，公司在分立前与债权人就债务清偿达成的书面协议另有约定的除外。

三、企业改制时的债务承担是怎样的

企业改制时的债务承担是这样的：

1、企业分立的，债务按照当事人的约定处理；企业分立时对原企业债务承担没有约定或者约定不明，或者虽然有约定但债权人不予认可的，分立后的企业应当承担连带责任；

2、企业公司制改造的，债务由改造后的有限责任公司承担。