申请新版通行证需填写《中国公民出入境证件申请表，提交符合要求的照片，并按规定提交相关证明材料。内地公安机关出入境管理部门对首次申请电子往来港澳通行证的16周岁以上(含)的申请人，均将采集或核验指纹，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定。

如持证人希望免登记使用港澳地区自助查验通道通关，还应在申请电子往来港澳通行证时，在申请表背面签署《免登记使用港澳地区自助查验通道声明(不满16周岁的由其监护人签署)。

往来港澳通行证(包括现行本式往来港澳通行证和电子往来港澳通行证)持证人持逗留签注在港澳地区期间，证件遗失或被盗、损毁、有效期不足6个月(或者短于拟申请签注的有效期)，可按照现行规定通过香港或者澳门中国旅行社，分别向广东省公安厅深圳签证办或者珠海签证办申办电子往来港澳通行证和逗留签注，也可以返回内地直接向广东省公安厅深圳、珠海签证办或者原逗留签注受理审批部门申办往来港澳通行证和逗留签注。