1、行为方式不尽相同。前者表现为使用虚假证明文件或采取其他欺诈手段，虚报注册资本，欺骗公司登记主管部门，取得公司登记，数额巨大，后果严重或者有其他严重情节的行为。后者表现为违反公司法的规定，没有交付货币，或者没有转移财产所有权，虚假出资，或者在公司成立后又抽逃出资，数额巨大，后果严重，或者有其他严重情节的行为。本罪是个行为选择性罪名，即虚假出资和抽逃出资两种行为，只要具备其中一种，即可构成本罪。如果行为人既虚假出资又抽逃出资，就构成了虚假出资、抽逃出资罪。

2、行为发生的时间不同。前者发生在公司登记过程中，后者可能发生在公司登记中，而更多发生在公司被依法登记之后的成立过程中(即)成立前与成立后都有可能构成本罪。

3、客体方面存在较大差异。前者侵犯的是国家工商行政管理登记制度以及公司股东和债权人的利益。后果侵犯的是国家对公司的管理制度。根据公司法的规定，不论是设立有限责任公司还是设立股份有限公司，在公司登记注册前，都要按照公司章程所规定的注册资本，如实缴纳出资，既不能虚假出资，也不能随意地抽回出资。否则，违反了法律关于公司设立的规定，对于引发比较严重危害后果，构成犯罪的，必须惩法惩处。

4、犯罪主体不同。前者是申请公司登记的个人或者单位。后者是特殊主体，即公司的发起人、股东或者单位。这里的公司，是指公司法所规定的有限责任公司和股份有限公司。公司发起人，是指依法创立筹办股份有限公司的人。股东，是指公司的发起人。

5、欺诈的对象不同。二者在公司设立的过程中都有欺诈行为。前者欺骗的对象是公司登记主管部门，而后者欺骗的对象主要是其他股东、发起人。