员工举报公司违法行为是合法的。根据我国劳动法的有关规定，用人单位成立后，应当依法经营生产，依法履行劳动权利义务，不得违法经营，不得随意侵犯劳动者的合法权益；用人单位有违法行为的，劳动者可以向有关机构举报投诉或者向媒体公布，劳动者向媒体曝光用人单位有违法行为；承担举证责任。劳动者曝光的违法行为经核实属实的，劳动监察部门应当对用人单位的具体违法行为给予相应处罚。

员工举报公司偷税漏税后果

当事人不会有后果，因为法律会保护举报人。纳税人采取伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报的手段，不缴或者少缴应纳税款；偷税数额占应纳税额的百分之十以上不满百分之三十并且偷税数额在一万元以上不满十万元的，或者因偷税被税务机关给予二次行政处罚又偷税的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处偷税数额一倍以上五倍以下罚金。

《中华人民共和国劳动法》第八十九条用人单位制定的劳动规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门给予警告，责令改正；对劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。