商标侵权被法院起诉，法院根据双方的意愿进行调停，不能调停的会开庭审理判决。法院审理侵犯商标专用权的案件，通常审查案件的原因、管辖权、主体合格、原告权的基础和范围、被告行为的抗辩事由和被告责任等内容。例如，管辖权是指商标专用权人提起诉讼的法院是否属于被告所在地、侵权行为地、侵权结果地。主体适格指的是原告是否拥有商标专用权，或经商标专用权的独占许可等。原告权基是指商标在起诉时是否还有效。被起诉侵权行为的抗辩事由是指被起诉侵权人是否有商标合理使用答辩，首先使用权答辩，商标权用完答辩和非商业使用答辩等答辩事由。如果被告侵权人确实是侵权，法院将根据被告侵权行为的情节严重、主观恶意等，确定被告侵权人应该承担什么样的责任。

商标侵权纠纷的处理问题

商标侵权纠纷的处理是：由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。工商行政管理部门对商标侵权行为的处理方式包括责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权工具和处以相应罚款等。

《民事诉讼法》第一百二十条