女方在哺乳期双方协议离婚的，两个孩子抚养权的分配根据具体情况而定。法律规定两周岁以下的孩子，一般由女方直接抚养。双方协议一致的情况下，也可以由男方直接抚养。双方协议不成的，可以到法院起诉，由法院根据双方和孩子的情况进行判决。抚养权的归属是以更有利于孩子成长为前提的，如果对孩子造成不利影响，则不利于争取到孩子抚养权。

哺乳期协议离婚如何的离婚程序

哺乳期协议离婚具有下列程序：

1、协议离婚程序，当事人依法订立书面离婚协议、亲自到婚姻登记机关申请离婚登记、经过三十天离婚冷静期、亲自领取离婚证等；

2、起诉离婚程序，女方提起离婚诉讼、受理、调解、审理、裁判等。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。