军人协议离婚程序是指一方或者双方都是军人要解除婚姻关系应该怎么办理手续。具体做法如下：

现役军人协议离婚的特殊规定：新《民法典》第一千零八十一条现役军人的配偶要求离婚，须得军人同意，但军人一方有重大过错的除外。

1、军人离婚程序之与军人离婚，军人一方同意离婚。

如果军人一方同意离婚，那么与现役军人离婚就和普通的离婚一样，可以去民政局协议离婚也可以去法院诉讼离婚。

2、军人离婚程序之军人一方不同意离婚。

如果军人有“重大过错”，则可以不经过军人同意，而提出与军人离婚。那么与现役军人离婚时，军人一方的“重大过错”具体是指那些行为：

(1)重婚或与他人同居的，可以直接与军人离婚。

(2)实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的可以直接与军人离婚。

(3)有赌博、吸毒等恶习屡教不改的可以直接与军人离婚。

(4)有其他重大过错的可以直接与军人离婚。主要是指其他严重违背社会公德，并对夫妻感情造成严重伤害的行为，如强奸、嫖娼等违法犯罪行为等。

3、军人离婚程序之军人一方要求离婚。

配偶是地方人员，军人一方要求离婚的，所在部队政治机关领导应当视情进行调解;符合《民法典》规定的离婚条件，并经对方同意，政治机关方可出具证明同意离婚;如军人一方坚持离婚，对方坚决不同意离婚的，部队可商请对方所在单位或地方有关部门进行调解，调解无效的，政治机关出具证明，由当事人向法院提出离婚诉讼。

4、军人离婚程序之非军人一方要求离婚。

配偶是地方人员，配偶一方要求离婚，军人一方同意离婚的，政治机关可出具证明同意离婚;军人一方不同意离婚的，政治机关不得出具证明，但经政治机关查实军人一方确有重大过错的除外。