首先城市房屋拆迁和农村宅基地拆迁两者性质不同，分别隶属于不同的主管部门，房屋拆迁管理部门和土地管理部门。

其次两者补偿标准不同。根据现行法律《国有土地上房屋征收与拆迁补偿条例》，城市拆迁补偿是按市场评估价进行，城市房屋寸土寸金，补偿主要依据区位，用途和建筑面积确定，农村宅基地则主要分为宅基地的补偿和地上物的补偿，一般只补偿成本重置费。

因此城市拆迁补偿自然要比宅基地征收补偿价格高得多。于是，在进行征地补偿时究竟是用何种补偿安置标准，便成为被拆迁人和拆迁公司的主要争论焦点之一。

最后是两者实施主体不同。农村宅基地拆迁的实施主体一般是市县国土资源部门，而城市房屋拆迁一般是由政府委托的拆迁公司等进行。

1、城市房屋拆迁：针对的是城市规划区内国有土地上的房屋，房屋所有者对土地享有使用权。因此，在城市拆迁前应该依法收回土地使用权。

2、农村房屋拆迁：农村房屋的土地是归农村集体所有，在拆迁前，需要依法办理集体土地征收手续，将集体所有土地变更为国有土地，再办理出让手续以取得土地的使用权。