它们的差异主要表现在以下几个方面：

①对象不同。经济效益审计的对象是各种经济数据及相关的技术经济数据、经营管理活动，而财务审计的对象只是财务数据和财务收支活动。不同的目的。经济效益审计通过对本单位各项经济技术经济数据的审查，评价本单位经济、合理、有效的经营管理活动，并提出改进意见；财务审计检查财务数据是否真实、正确，财务收支是否合理合法。

③不同的功能。经济效益审计具有建设性和保护性功能，主要是建设性的；财务审计具有保护性和建设性功能，主要是保护性的。根据不同的标准。经济效益审计的标准是有关的法律、财务法规和制度，以及同一行业的计划、目标、定额、技术经济指标和相同的指标；财务审计的标准是有关的法律、财务法规和制度。