公司少数股东承担的亏损超过了少数股东在该公司期初所有者权益中所享有的份额，其余额应当分别下列情况进行处理：

1、公司章程或协议规定少数股东有义务承担，并且少数股东有能力予以弥补的，该项余额应当冲减少数股东权益；

2、公司章程或协议未规定少数股东有义务承担的，该项余额应当冲减母公司的所有者权益。该子公司以后期间实现的利润，在弥补了由母公司所有者权益所承担的属于少数股东的损失之前，应当全部归属于母公司的所有者权益。

子公司所有者权益中不属于并表母公司的份额，应当作为少数股东权益，在合并资产负债表中所有者权益类项目下以“少数股东权益”项目列示，总资产的计算公式变为：总资产=负债所有者权益(含并表母公司权益和少数股东权益)。

二、对少数股东权益保护的制度有哪些？

持有或代表10%以上表决权的股东在特定条件下可以自行召集和主持股东会或股东大会。在公司存在控制股东的情况下，董事会极易为控制股东操纵，如果中小股东没有此项权利，就意味着由控股股东决定是否召集股东大会。单独或者合计持有(代表)10%以上表决权的股东有召开临时股东会或临时股东大会的提议权，且内容并不限于此。赋予股东提案权，使其有机会将其意见和建议传达给经营层和其他股东，使其拟定政策时更加谨慎，从而预防控制股东滥用控制权，促使股东法定权利的实现，保护少数股东的利益。

此外，新公司法还规定了少数股东知情权的保障制度、累积投票制度、表决权的回避制度、特定情形下异议股东股份回购请求权制度、特定情形下请求法院解散公司的权利以及代位诉讼制度。