申请专利的发明创造涉及国家安全及重大利益需要保密的，按照国家有关规定办理。专利法实施细则第8条又规定，国防系统各单位申请发明专利，涉及国防方面的国家秘密需要保密的，其专利申请由国务院国防科学技术主管部分设立的专利机构受理；专利局受理的国防方面的国家秘密需要保密的发明专利申请，应当移交国务院国防科学技术主管部门设立的专利机构审查，由专利局根据该专利机构的审查意见作出决定。

航天工业作为国防科技工业的一部分，有许多涉及国防型号任务的研制课题，其中，科技人员做出的发明创造大部分涉及保密问题，这一点正是与一般科技成果的不同之处。对于这样的发明创造，研制单位可以按照《国防专利条例》的规定，申请国防专利。但《国防专利条例》也同时规定，绝密级涉及国防利益的发明不得申请国防专利。而对于那些可以转为民用的不涉及国防技术秘密的创新成果，研制单位可以选择普通专利申请。有的发明创造既可用于国防又可民用，可以先选择申请国防专利，以后根据需要，按照有关规定进行解密，转为普通专利。

国防专利与普通专利的主要区别在于：国防专利只在国防系统内公开摘要，不公开具体的说明书；而普通专利则向公众全面公开，包括全国及全世界，任何人均可以查阅说明书及权利要求书等文件；国防专利采用即时审查制，审查速度比普通专利快。此外，国防专利还设有补偿费，可以补偿国防专利权人因保密而造成的一部分损失。