民办非企业单位是需要缴税的。无论哪个单位只要取得增值税收入，都应当按照规定计算应缴增值税，并按规定向税务机关缴纳税款。法律法规规定通过税务登记信息掌握其公司设立、经营范围等信息，并按照税法规定要求其正常纳税申报，加强对非营利组织的资格认定和年审。严格界定应纳税所得额、非应税所得额和免税所得额。分别计算应纳税所得额和非应税所得额的相应成本。

一、民办非企业单位注册的流程如下：

1、经业务主管单位审查同意，并有正式文件批准；

2、有规范的名称，且名称符合国务院民政部门制定的《民办非企业单位名称管理暂行规定》；

3、有必要的组织机构；

4、有与其业务活动相适应的从业人员；

5、注册资金实缴。有与其业务活动相适应的合法财产，且其合法财产中的非国有资产份额不得低于总财产的三分之二。开办资金必须达到本行业所规定的限额；

6、实际注册、办公地址。有与其业务相适应的必要的场所和设备、设施，且活动场所须有产权证明或一年期以上的使用权证明。

二、民办非企业单位注册需要的材料如下：

1、登记申请书；

2、民办非企业单位登记申请表；

3、业务主管单位的批准文件；

4、名称预先核准通知书原件；

5、场所使用权证明并附房屋消防安全证明；

6、民办非企业单位法定代表人登记表；

7、按民办非企业单位章程示范文本规范拟定；

8、理事会监事会成员名单并附成员复印件；

9、验资报告；

10、员工基本情况和党组织建设情况。

总之，民办非企业单位是需要缴税的。无论哪个单位只要取得增值税收入，都应当按照规定计算应缴增值税，并按规定向税务机关缴纳税款。同时民办非企业单位的注册需要准备好登记申请书、民办非企业单位登记申请表、场所使用权证明并附房屋消防安全证明等证明。