检察院让签认罪认罚后不起诉是合法的。

1、根据法律规定，检察院对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

2、构成刑事犯罪的，要依据触犯的罪名，根据犯罪的事实、犯罪的性质、情节和对于社会的危害程度等因素，依据刑法规定的标准进行处罚。

一、犯罪情节轻微会留案底吗？

行为人的犯罪情节轻微，人民检察院不起诉是不会留下案底的，因人民法院没有对齐作出有罪的判决。我国《刑事诉讼法》规定，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

二、不起诉的条件和程序是什么

1、绝对不起诉的适用条件是以下6种情形之一：

(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；

(二)犯罪已过追诉时效期限的；

(三)经特赦令免除刑罚的；

(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；

(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的；

(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。

2、相对不起诉的适用必须符合以下三个条件：

(一)人民检察院认为犯罪嫌疑人的行为已经构成犯罪，应当负刑事责任；

(二)犯罪行为情节轻微；

(三)依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚。

3、适用存疑不起诉应当具备以下条件：

(一)案件经过补充侦查；

(二)定罪证据不足；

(三)不符合起诉条件。

刑事案件不起诉程序为：

1、制作不起诉决定书。

2、不起诉决定书的宣布和送达。

3、解除扣押、冻结。

4、移送有关主管机关处理。

5、对公安机关的意见进行复议、复核。

6、对被害人、被不起诉人的申诉进行复查。

三、批捕后被起诉取保候审是否合法

批捕后末起诉是合法的。如果不满足起诉条件，则检察院可以选择不起诉。