根据《证券法》的有关规定，要约收购与协议收购的区别主要表现在：

(1)要约收购只能通过证券交易所的证券交易进行，协议收购则可以在证券交易所场外通过协议转让股份的方式进行。

(2)《证券法》虽然未对要约收购与协议收购所收购的股份类型作出明确规定，但依据现时上市公司收购的实际情况并结合《证券法》的有关规定，要约收购的股份一般是可流通的普通股，而协议收购的股份一般是非流通股(包括国有股和法人股)。

(3)由于协议收购是收购者与目标公司的控股股东或大股东本着友好协商的态度订立合同收购股份以实现公司控制权的转移，所以协议收购通常为善意收购;要约收购的对象是目标公司全体股东持有的股份，自然不需要征得目标公司经营者的同意，因此要约收购多为敌意收购所采用。

(4)要约收购主要发生在目标公司股权较为分散，公司的控制权与股东分离的情况下;协议收购则多发生在目标公司股权比较集中，存在控股股东的情况下，收购人可通过协议方式实现控制权的转让。

(5)要约收购在收购人持有上市公司发行在外的股份达到30%时，若继续收购，就须向被收购公司的全体股东发出收购要约，做出股份出售承诺的股东则与收购人产生合同关系;

持有上市公司股份达到90%以上时，收购人负有强制性要约收购的义务。而协议收购是建立在双方依法成立的股权转让合同基础上的，不具有强制性。