电子支票的支付流程不是单一的，它和所要应用的电子支票系统密切相关。现举由美国卡内基·梅隆大学开发出的Netbill电子支票为例，介绍其网上支付流程。

(1)客户向商户请求正式的报价单，启动Netbill交易；

(2)在收到报价单请求后，商户定出价格，并返回报价单；

(3)如果客户接受所报价格，则应指示其支票簿向商户收款机发送购买请求；

(4)当收到购买请求后，收款机从商户应用中取出产品，并采用一个密钥来加密该产品。在计算出密码校验和后，将结果传送至客户支票簿；

(5)在收到加密信息后，支票簿验证校验和，随后，支票簿向商户收款机送回一份签名的电子支付定单；

(6)收款机对电子支付定单进行背书，然后将之发送至Netbill服务器；

(7)Netbill服务器在验证价格、核验和等符合规定之后，借记客户账户恰当的数额。Netbill服务器记录该笔交易并且保存一次性密钥的复制件，然后，再将包含有同意或拒绝信息的数字签名信息发送给商户；

(8)商户对Netbill服务器作出回答，如果同意，即同时将解密密钥发送给客户支票簿。