行为人犯非法经营罪，无论是获利5000万还是营业额为5000万都是属于非法经营罪的特别严重情形，依法将被判处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。

一、非法经营卖药40万流水如何判

非法经营卖药40万流水，属于情节特别严重的情形，会被人民法院判处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。非法经营罪是指，违反国家规定，有非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。

二、非法经营罪会面对怎样的处罚

非法经营罪会面对的处罚是处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。单位犯非法经营罪的，对单位判处罚金、对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依以上规定追究刑事责任。

三、非法经营罪怎么判

自然人犯非法经营罪处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；单位犯非法经营罪，对单位判处罚金、对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。