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技术转让合同免税申请当然是需要备案的，而且技术转让合同可以免征增值税也不是在全国范围内都已经实行了的，目前只在部分城市作为试点。如果所在城市对技术转让合同免征增值税的话，那需要当事人携带技术转让书面合同和科技主管部门的审核意见证明文件到税务机关备案。
1.增值税优惠：技术开发、技术转让和与之相关的技术咨询、技术服务，经认定登记的，可向税务部门申请办理减免增值税。 2.企业所得税优惠：经认定登记的，符合条件的技术转让所得免征、减征企业所得税，是指一个纳税年度内，居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税；超过500万元的部分，减半征收企业所得税。所得税减免可以追溯三年，专票、普票都可以享受，之前未享受的可以凭借免税单办理退税。 3.企业研发费用加计扣除：签订委托、合作研究开发项目的合同，应由受托方进行认定登记，符合认定登记条件的，可作为委托方研发费用加计扣除的资料留存备查。 4.技术转移和成果转化项目资助：上年度经认定登记的技术合同，且未享受过免征增值税优惠政策，可申请技术合同项目资助。 5.职称评价证明材料：单个技术转让项目技术交易额累计达到50万元或3年内多个技术转让项目技术交易额累计达到100万元的，在参与职称评审时每个项目或每100万元可替代一项纵向课题要求。 6.成果转化证明材料：高校、科研机构开展技术开发、技术咨询、技术服务等活动取得的净收入视同科技成果转化收入，可留归自主使用。 然而，在理论上，关于违约金的性质、国家干预的程度等问题依然使人困惑，而立法上，如何判定约定的违约金“过分高于造成的损失”，如何予以“适当调整”，法律均未进一步明确，从而导致对违约金“过高”调整问题的认定和处理在审判实践中颇多争议，法律适用极不统一，司法工作者有时也无所适从
申请技术合同认定登记的自然人、法人和其他组织，包括技术开发合同的研究开发人、技术转让合同的让与人、技术咨询和技术服务合同的受托人，以及技术培训合同的培训人、技术中介合同的中介人。
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