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全年一次性奖金也包括年终加薪，实行年薪制和绩效工资办法的单位根据考核情况兑现的年薪和绩效工资。具体的税收计算方法是（1）将员工当月内获得的年度一次奖金除以12个月以外，根据其商业数量决定适用税率和速度计算扣除数。在发放年终奖金的当月，员工当月的工资收入低于税法规定的费用扣除额的，应当将全年的一次奖金减去员工当月的工资收入和费用扣除额的差额后的馀额，通过上述方法决定全年一次奖金的适用税率和速计扣除额。（二）将员工个人当月内获得的年度一次奖金按本条第（一）项决定的适用税率和速度计算扣除数计算征税，计算公式如下：1、员工当月工资收入高于（或等于）税法规定的费用扣除数的，适用公式为应纳税额＝员工当月获得年度一次奖金×适用税率－速度计算扣除数2、员工当月工资收入低于税法规定的费用扣除数的，适用公式为应纳税额＝（员工当月获得年度一次奖金－员工当月工资收入和费用扣除数的差额）×适用税额（一次税额），每年征收入一次税额）其他各种名目奖金，如半年奖、季度奖、加班奖、先进奖、工作奖等，均与当月工资、工资收入合并，按税法规定缴纳个人所得税。为便于理解，特举例说明：如：某公司员工09年12月工资3600元，年终奖2000元。则当月工资纳税（3600－2000）×10％－25＝135元，当月年终奖应纳税所得额为：2000÷12＝167，确定为按500以下的5％税率，年终奖纳税为2000×5％＝100元，则该员工09年12月工资奖金应纳税为135 100＝235元。另外，该员工09年12月的工资为1900元，其他条件相同。当月工资纳税不足征收点100元，当月年终奖金应纳税所得额（2000－100）÷12＝158、3，500以下5％的税率，年终奖金应纳税2000×5％＝100元，员工09年12月工资奖金应纳税100元。
《中华人民共和国国家税务总局关于调整个人年度一次性奖金计算征收个人所得税方法的通知》（国税发〔2005〕9号）规定，纳税人年度一次性奖金，单独作为月度工资薪金所得计算纳税，由扣缴义务人发放时代扣缴。文件第三条明确规定年度一次性奖金还包括年终加薪、实行年薪制和绩效工资办法的单位根据考核情况兑现的年薪和绩效工资。
公司扣绩效工资，协商不成，收集证据，申请劳动仲裁部门直接提出仲裁，要求用人单位支付所扣的工资，不满仲裁结果，再进行起诉，法律依据：中华人民共和国劳动合同法 第四条用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。 用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
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