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员工的工资个税要按照百分之三至百分之四十五的超额累进税率来进行计算，纳税人取得应税所得没有扣缴义务人的，应当在取得所得的次月十五日内向税务机关报送纳税申报表，并缴纳税款。
个人所得税按应发工资扣除。根据《个人所得税法》规定，应纳税所得额的计算：（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除，专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。（二）非居民个人工资、工资收入，以每月收入减去费用5000元后的馀额为应纳税收入的劳务报酬收入、原稿收入、特许权使用费收入，以每次收入为应纳税收入。（三）经营收入以每个纳税年度的收入总额扣除成本、费用和损失后的馀额为纳税收入。（4）财产租赁收入，每次收入不超过4000元，扣除费用800元以上的，扣除20％的费用，其馀额为应纳税收入。（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。（六）利息，股息，红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。
《个人所得税法》第六条第一款规定，工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。第九条第二款规定，工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，由扣缴义务人或者纳税义务人在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。《个人所得税法实施条例》第三十五条规定，扣缴义务人在向个人支付应税款项时，应当依照税法规定代扣税款，按时缴库，并专项记载备查。根据上述规定，工资薪金所得以每月收入额减除费用后计算应纳税所得，按月计征，由扣缴义务人在支付时代扣税款。如果在一个月内取得两个月的工资，应当合并计征个税。但如果属于补发工资的情形，建议携带相关资料向主管税务机关说明情况，经批准后分解到所属月份代扣个税。以下地方规定供参考：《大连市地方税务局关于明确调整个人所得税若干政策问题的通知》（大地税个〔1997〕第101号）第一条对纳税人一次取得数月工资或补发调整工资征税问题规定，鉴于有的单位因资金短缺，对所属人员月工资（不包括当月应领取的数月奖金，年终加薪、年终分红等）数月集中支付；有的单位按照上级有关部门的规定标准调资，还有的晋职、晋级，其上调工资部分往往一次或分次补发。对确有上述情况的单位，报经主管地方税务机关审核后，可按照纳税人应取得工资收入的所属期间，计算缴纳个人所得税。《广东省关于对补发以往月份工资计算个人所得税问题的通知》（粤地税发〔1999〕239号）规定，对纳税人领取补发以往月份的工资（含津贴，补贴），可以把补发的工资分摊回所属月份工资薪金所得合并计征个人所得税。其计算公式如下：所属月份补发工资应纳税额=-原所属月份已缴纳的个人所得税。《内蒙古自治区地方税务局关于补发工资有关个人所得税政策问题的公告》（内蒙古自治区地方税务局公告2014年第3号）第一条规定，对于企业因资金短缺等原因未能按期支付的职工工资，且在企业会计账簿中按月计提，应事先向主管税务机关提供书面说明，情况属实的可按照纳税人应取得工资收入的所属期间，计算缴纳个人所得税。第二条规定，对由于职务晋升、工作调动、新进人员定级等原因，按照相关工资政策规定标准调资等原因补发以往月份工资，应向主管税务机关提供书面说明，情况属实的可以把补发工资分摊与所属月份工资薪金所得合并计征个人所得税。第三条规定，对于纳税人不符合第一条、第二条的补发工资应将补发工资与当月工资合并计算缴纳个人所得税。第四条规定，对于企业发放的具有考核性质的工资，如年终加薪、绩效工资等不适用上述政策规定，应按照《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发〔2005〕9号）的规定计算缴纳个人所得税。第五条规定，本公告自公布之日起执行。《内蒙古自治区地方税务局关于贯彻实施修改后的个人所得税法有关问题的通知》（内地税字〔2011〕203号）同时废止。
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