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一、国际货运运费结算凭证的印花税，应由实际收取和支付运费的承、托运双方分别就运费结算凭证，按货物运输合同税目贴花，其中，承运人以货物运输专用发票的记账联作为应税凭证；托运人以国际货物运输代理业专用发票的发票联作为应税凭证。国际货运代理企业接受托运人的委托代办国际货运业务，其结算的运费属于代垫性质，收取和支付运费的结算凭证，不征收印花税。 二、根据印花税暂行条例关于应纳税凭证应当于书立或者领受时贴花的规定，外地托运人委托我市货运代理企业办理国际货运业务，应在我市缴纳印花税。 三、为便于托运人按运费贴花，国际货运代理企业在开具运费结算凭证结算收入时，必须在“收费内容”栏中分别列明运费、货运代理费及其他服务收费项目。
《国家税务总局、铁道部关于铁路货运凭证印花税若干问题的通知》(国税发〔2006〕101号)第二条规定，铁路货运运费结算凭证为印花税应税凭证，包括： 1.货票(发站发送货物时使用)。 2.运费杂费收据(到站收取货物运费时使用)。 3.合资、地方铁路货运运费结算凭证(合资铁路公司、地方铁路单独计算核收本单位管内运费时使用)。;上述凭证中所列运费为印花税的计税依据，包括统一运价运费、特价或加价运费、合资和地方铁路运费、新路均摊费、电力附加费。对分段计费一次核收运费的，以结算凭证所记载的全程运费为计税依据;对分段计费分别核收运费的，以分别核收运费的结算凭证所记载的运费为计税依据。因此，货物运输合同印花税的计税依据为取得的运费金额，不包括装卸费金额。
根据2011年新修订的《印花税暂行条例》，货物运输合同由合同人按运输费用的0．5‰缴纳。货物运输包括民用航空运输、铁路运输、海上运输、内河运输、公路运输和联运合同。货物运输合同按运输费用金额计算。即使没有合同，有运费发票（包括国际货运发票）也要缴纳印花税，印花税按发票全额计算，不扣进项税。但运费发票中记载的装卸费、保险费等，在计算印花税时可以扣除，例如运费发票中注明运费500、装卸费100、保险费50，印花税按500计算。应纳税额不足1角的，免征印花税。应纳税额超过1角的，税额尾数不足5分的，按1角计算缴纳。
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