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专利及软件著作权的区别包括两者的定义是不同的，两者的法律依据也是不同的，并且两者申请的方式不同和简易程度不同，软件的著作权不需要经过审核可以受到自然的保护，专利需要经过形式审查。
专利和版权分属不同的知识产权，但保护的侧重点有所不同，版权保护的是软件的源代码序列及运行过程中的文档。专利保护的是软件的运作方法。版权要求具有独创性就能够享有，而专利要求具有新颖性和创造性。如果你们的软件的运行过程已经完全公开，那么依该软件申请的专利很可能就没有新颖性而不予授权。因此你们可以在专利审查过程中提出审查建议，但审查建议不是法定程序，不一定被审查员所采纳。另外还可以等授权后对其宣告无效。 不过如果申请专利的公司与你公司没有关系，目前也不能起诉，只能提建议或者提出无效宣告。
两者的法律依据不同： 1、软件的著作权保护依据《著作权法》和《计算机软件保护条例》。 2、软件的专利保护依据《专利法》，具体审查标准参见国家知识产权局专利《审查指南》第二部分第九章“涉及计算机程序的发明专利申请审查若干问题”。
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