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(1)要注意专利与技术秘密的有效性。 专利的有效性主要体现转让的专利或者许可实施的专利应当在有效期限内;超过有限期限的，不受法律保护。技术秘密的有效性主要体现保密性上，即不为社会公众所知，是所有人的独家所有。如果是已为公众所知的技术，就谈不上是技术秘密，当然也就不存在转让问题。 (2)技术的有关情况应当约定清楚。 技术是技术转让合同的标的，技术的有关情况应当在合同中详细规定，便于履行。技术的有关情况包括：技术项目的名称，技术的主要指标、作用或者用途，关键技术，生产工序流程，注意事项等。这些数据表明了技术的内在的特征，是有效的，同时也是当事人计算使用费或者转让费的依据。 (3)转让或者许可的范围。 转让技术或者许可他人实施技术，都应当明确范围。合同中可供选择的条款包括：专利转让的，涉及专利权人的变更，因而其范围及于全国;专利许可的，则要明确在什么区域内可以使用该专利，超过的就是违约;技术秘密转让的，让与人要承担保密责任，其使用范围可以及于全国，也可以只是某个地区。 (4)转让费用的约定。 转让费用包括转让费和使用费。在专利转让情况下，受让人应当支付转让费。转让费根据技术能够产生的实际价值计算，通常规定一个比例，便于操作。在实施许可的情况下，则根据使用的范围和生产能力以及是否是独家等因素考虑转让费或者使用费的数额。受让人未按照约定支付使用费的，应当补交使用费并按照约定支付违约金;不补交使用费或者支付违约金的，应当停止实施专利或者使用技术秘密，交还技术资料，承担违约责任。实施专利或者使用技术秘密超越约定的范围的，未经让与人同意擅自许可第三人实施该专利或者使用该技术秘密的，应当停止违约行为，承担违约责任;违反约定的保密义务的，应当承担违约责任。
你的问题比较复杂：首先，对于股权转让的价格，可以由双方协商确定。但由于你们是虚假出资，所以如果没有按照注册资本的金额来转让。那之后你和其他股东就有承担不足注册资本的法律风险。其次，股权转让应当到工商机关办理登记备案。但原来签的转让协议只要内容合法，形式有效，还有有约束力的。建议你可以先补办工商登记。最后，对于公司的专利技术，建议你可以在股权转让协议中与对方约定相应的保密方式和期限，并约定违约责任。
根据《财政部国家税务总局关于在全国开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点税收政策的通知》（财税〔2013〕37号）附件3规定，试点纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务免征增值税。技术转让，是指转让者将其拥有的专利和非专利技术的所有权或者使用权有偿转让他人的行为；技术开发，是指开发者接受他人委托，就新技术、新产品、新工艺或者新材料及其系统进行研究开发的行为。
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